Merkezimiz resmi olarak kurulmadan önce yarı iletken tabanlı ileri teknoloji AR&GE ve üretim odaklı çalışmaları hedefleyen hazırlıklar, kurucu ekip tarafından 2000’li yılların başında başlatılmış ve deneysel çalışmalar 2006 yılında proje aşamasına gelmiştir. Bu çalışmalar neticesinde Devlet Planlama Teşkilatı’nın desteği ile kampüs alanında o günkü adıyla “Cumhuriyet Üniversitesi Nanoteknoloji Araştırma Merkezi” altyapısı kurularak faaliyete başlanmıştır. Merkez daha sonra 2013 yılında Cumhuriyet Üniversitesi Senatosu’nun önerisi ve Yükseköğretim Kurulu’nun onayı ile “Cumhuriyet Üniversitesi Nanofotonik Uygulama ve Araştırma Merkezi (CÜNAM)” adını almıştır. CÜNAM Yönetmeliği, 30.09.2013 tarih ve 28781 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanarak yürürlüğe girmiştir.
Merkez bünyesinde çalışacak insan gücünün yetiştirilmesine henüz lisans düzeyinde başlanmakta olup master ve doktora öğrencilerine laboratuvarlarda araştırma yapma olanağı sağlanmakta ve çalışmaları desteklenmektedir. Altyapının faaliyete geçmesinden bugüne değin CÜNAM araştırmacılarının yaptıkları çalışmalar neticesinde nitelikli proje ve yayın sayısı kısa sürede bir ivme kazanmıştır. CÜNAM 2020 yılı sonu itibarı ile büyük bir çoğunluğu dış kaynak olmak üzere yaklaşık 20 Milyon TL proje desteği alarak birçok çalışmaya imza atmıştır. Proje destekleri içerisinde TÜBİTAK 1007-Kamu Kurumları Araştırma ve Geliştirme Projeleri, TÜBİTAK 1003- Öncelikli Alanlar Ar-Ge Projeleri, TÜBİTAK 1001- Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Projeleri, Savunma Sanayii Başkanlığı Projeleri, ASELSAN Projeleri ve Bilim Sanayi ve Teknoloji Bakanlığı Projelerinin bulunması CÜNAM’ın temel araştırma yapmasının yanı sıra ülkemizin milli ve yerli savunma teknolojisinin stratejik hedefleri doğrultusunda çalıştığının bir göstergesidir.